"Ils sont cinq. Cinq jeunes et fougueux pilotes, recrutés parmi les meilleurs pour libérer les colonies de l'espace du joug de leur oppresseurs: Heero, le plus déterminé; Duo, drôle et charmeur; Trowa le plus mystérieux; Quatre, doux et sensible; enfin Wufei, le plus solitaire. Ils sont aux commandes des armures mobiles Gundam, robots aux capacités exceptionnelles. Dans leur combat pour la liberté, ces cinq courageux pilotes et leurs armures sont soutenus par Relena. Tous ensemble ils oeuvrent pour faire régner la Paix dans la Galaxie."
Après une période de guerre constante entre les différentes factions sur terre et la paix relative sur les colonies spatiales, la "Earth Sphere Unified Alliance" veut répandre la paix sur la Terre et dans l'espace. Au nom de la paix et de la justice, l'armée de l'Alliance a pris le contrôle de toutes les colonies spatiales et a rompu toute opposition avec des machines combattantes très avancées, connues sous le nom de "Mobile Suits", manipulées par les gardes du corps de l'Alliance, les Spéciales, commandés par Treize Khushrenada. Les Spéciales sont entraînés et faits par la fondation Romefeller, la puissante combine industrielle qui développe et manufacture les "Mobile Suits" de l'Alliance. Mais, inconnus du public général, les Spéciales sont une défense pour OZ, une société secrète de Romefeller qui a infiltré l'armée de l'Alliance à son niveau le plus haut.
Maintenant, dans l'année A.C. 195 (Après la Colonie), après 2 décades d'oppression, des rebelles dans les colonies spatiales sont déterminés à ce que la poignée de fer de l'Alliance et de OZ ne sera plus tolérée. Avec l'aide de 5 scientifiques qui ont développé les "Mobile Suits" les premiers, les rebelles ont créé 5 "Mobile Suits" super combattants aussi connus sous le nom de Gundams. Aucun pilote ordinaire ne pourrait faire voler ces Gundams avec leur technologie super avancée. Par conséquent, cinq garçons (Heero Yui, Duo Maxwell, Quatre Raberba Winner, Trowa Barton et Chang Wufei) sont adoptés et entraînés à partir de la naissance, chacun apprenant des habiletés renversantes et acquièrent de différentes personnalités